Od początku sezonu 2009/2010 klubem kierował 5-osobowy Zarząd. Prezesem MKS Bug Wyszków od 6 lipca 2009 roku jest Dariusz Andrzejewski. Wiceprezesem Paweł Szklarski, a członkiem Zarządu Zbigniew Fijałkowski.
W grudniu tegoż roku z pracy w tym gremium zrezygnowali Daniel Stasiukiewicz i Marek Zawadzki. Od tego czasu klub zarządzany jest przez 3-osobwy zarząd w w/w składzie.